2022年3月9日，南方医科大学南方医院的蒋德科教授团队在Nature Communications 上发表题为“An enhancer variantat 16q22.1 predisposes to hepatocellular carcinoma via regulating PRMT7 expression”的研究论文。

在本文中，作者顺利获得一系列生物信息学分析筛选了整个基因组的候选增强子变体。第一时间基于前期的成果从4898 例 HCC 病例和 7060 例非 HCC 对照的GWAS 数据中筛选得到超过 480 万个 SNP 进行了关联分析，而后降维筛选取得了六个与 HCC 风险的相关的候选SNP召开了下游验证，最终顺利获得双荧光素酶报告系统确定了 rs73613962 的区域具有增强子的特征，而 rs73613962遗传变异位点位于PRMT7基因的内含子区域。顺利获得GTEx数据库分析，rs73613962 的风险等位基因 G 与 PRMT7 的表达增加密切相关，而后该结果也在TCGA数据库肝细胞癌（LIHC）受试者、肿瘤和正常标本中得到了验证。

接下来，作者在HCC细胞系中顺利获得CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa）技术分别验证干预 rs73613962 的上下游序列是否可调控PRMT7表达？结果发现CRISPRi 的sgRNA 靶向 rs73613962 的上游和下游序列时，含 rs73613962 区域的增强子活性可能减弱PRMT7表达水平，相反，CRISPRa 对rs73613962的干预可增强PRMT7的表达。

而后，作者顺利获得染色质免疫沉淀（ChIP）和凝胶电泳迁移实验（EMSA）发现转录因子HNF4A对rs73613962风险等位基因G具有结合偏好性，因而可能提高了该区域的增强子活性，进而促进靶基因PRMT7的表达。

最后，作者顺利获得体内与体外的基因功能研究方法，如细胞的增殖、迁移和侵袭能力；裸鼠体内致瘤实验，临床样本中的异常表达与预后，讨论了PRMT7的高低表达，对肝癌肿瘤进程的作用。并顺利获得转录组测序分析，阐明了蛋白精氨酸甲基转移酶家族成员的PRMT7可能顺利获得调控p53信号通路中关键基因启动子区域上H4R3me2s修饰水平，影响肝癌的发生开展。

综合以上，该项研究为遗传风险因素影响肝癌发病机制给予了一个新的研究视角，即增强子上的肝癌风险相关遗传变异的不同等位基因对转录因子结合能力的影响，调控增强子活性与下游靶基因的表达，从而影响肝癌的发生风险（图一）。该项研究可能为肝癌的预防/治疗打开一扇新的窗口。

图1 PRMT7 内含子区域 HCC 风险相关增强子变体 rs73613962 的功能机制模型

总结全文，作者第一时间从临床样本中鉴定到有意义的SNP位点，这部分是绝大部分做SNP研究人员都熟悉的研究方法，而后顺利获得降维筛选，圈出6个与HCC风险相关的SNP位点。该部分生信环节，可移步k8com官网生物官网《高分SCI分子机制研究策略》详细分析。而后作者顺利获得CRISPRa/i实验召开了细胞层面的表达调控研究，该部分研究为多数研究人员较为陌生，可移步至k8com官网生物官网进行分析。至于后续双荧光素酶还有、Chip-qPCR、EMSA等技术，k8com官网生物可给予整体分子互作方案的评估，以降低验证风险。

参考消息：

http://www.nature.com/articles/s41467-022-28861-0

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