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1. DNA/RNA pull down技术介绍

DNA/RNA pull-down是体外研究DNA/RNA与蛋白互作的有力工具。该技术将生物素标记的DNA/RNA片段结合在链霉亲和素磁珠上，再与细胞的核蛋白孵育，纯化出与DNA/RNA片段互作的蛋白，洗涤洗脱得到的蛋白产物，做western-blot检测特定蛋白是否与靶DNA/RNA片段结合；做质谱鉴定即可筛选出与DNA/RNA片段可能互作的蛋白信息（如具体某个或某些转录因子/组蛋白/转录激活因子、RNA结合蛋白等）。

2. 靶基因上游调控机理研究策略

通常来说，靶基因下游的研究思路较为纯粹，干预目的基因，顺利获得组学筛选，qPCR/WB实验验证即可。但是对于基因上游调控机制来说，较为抽象。围绕中心法则，通常顺利获得基因的转录前调控，如染色质开放状态，组蛋白修饰，DNA的甲基化修饰等。或基因的转录调控，如转录因子-靶基因、转录协同因子-靶基因的研究方案。亦或转录后调控，如基因的RNA层面调控机理，如RNA的稳定性、修饰、转运、降解、可变剪切、翻译等。最后，可以考虑基因蛋白层面的调控机理，如蛋白的翻译后修饰，蛋白的膜/质/核转运等。

因此，靶基因上游调控机理涉及转录前、转录调控转录后调控的技术，均可顺利获得DNA/RNA pull down技术利用特异性探针，下拉与探针互作的蛋白，顺利获得质谱鉴定后，结合公共数据库筛选与靶基因启动子/RNA特异性互作的蛋白，并预测其结合位点。然后利用双荧光素酶报告系统验证转录因子/RNA结合蛋白对靶基因启动子野生突变基序的激活，利用Chip/RIP-qPCR实验检测转录因子/RNA结合蛋白与靶基因的内源结合，从高通量筛选，到点对点验证，充分证实靶基因的上游调控机理。

3. DNA/RNA pull down的技术流程

体外生成生物素标记的DNA/RNA片段→提取核蛋白→孵育→洗涤、洗脱互作蛋白→质谱鉴定→生物信息学分析。

4. DNA/RNA pull down技术的应用场景

① 高通量筛选靶基因启动子上游互作转录因子/RNA结合蛋白

② 高通量筛选靶基因启动子上游互作修饰因子

③ 筛选SNP位点导致的DNA/RNA互作蛋白差异

④ 绘制基因调控区片段互作组图谱

⑤ 筛选不同处理条件下基因转录启动/转录后调控机理差异

服务周期：

根据细胞生长特性与启动子特性不同，服务周期在6～8周

服务流程：

客户给予：

① 启动子序列

② 细胞/原生质体给予10的7次方，植物/动物组织给予2g以上

交付标准：

① 项目结题报告

② Pull down后蛋白银染结果

③ 质谱下机数据及分析结果

④ 个性化生物信息学分析（PPI、蛋白富集分析、三者互作预测）

服务保证：

① 项目启动后，密切跟进实验进展，每两周进行一次项目进度汇报。

② 项目结题报告包含靶基因探针标记质控、实验详细记录、质谱结果及分析等，满足客户后期论证材料需求。

③ 终身售后。

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